中小企業向けで初めて一人の担当者だけで職務発明制度を導入する場合の運用フロー例です。発明部門での発明届出書の作成が停滞しますので、実際には担当者が一部を作成する方がよいです（ただし、発明者が担当者を兼任している場合は除く）。また、このフローが実際に運用できる環境である会社はごくわずかであると思われますので、これをベースにするとしても修正が必要となります。
発明の創作～届出
①発明の創作
②発明者（又は知財担当）が届出書を作成
③発明者（又は代表者）が所属長へ届出書を提出
④所属長が届出内容を確認
⑤所属長が発明等の評価
⑥所属長が （又は発明者）知財担当へ届出書を送付
審査委員会での審議
①知財担当が届出・評価内容を確認
②知財担当が審査委員会（又は社長等の経営陣）へ届出書を送付
③審査委員会が届出・評価内容を審議
④審査委員会が職務発明の認定・出願・承継の決定
⑤審査委員会が知財担当へ審議結果を通知
出願・承継決定の場合
①知財担当が所属長・発明者へ出願・承継を通知
②所属長・発明者が認定・決定内容の確認
③知財担当が出願準備（特許事務所への依頼）
④特許事務所から出願原稿の納品
⑤知財担当が発明者へ出願原稿の確認を依頼
⑥発明者が出願原稿を検討し知財担当へ検討結果を送付
⑦知財担当が特許事務所へ出願（必要であれば修正）を指示
⑧出願番号が通知されたときに知財担当が出願報奨金の支払い手続き
非出願・非承継決定の場合
①知財担当が所属長・発明者へ非出願・非承継を通知
②所属長・発明者が認定・決定内容の確認
③不服がある場合、発明者は異議申立書を作成して知財担当へ送付
④知財担当が異議申立書を確認して審査委員会へ送付
⑤審査委員会が異議内容を審議
⑥審査委員会が異議の取り扱いを決定
⑦審査委員会が知財担当へ審議結果を通知
⑧－１異議を認める場合、知財担当は発明者へ通知して出願・承継決定のフローへ
⑧－２ 異議を認める場合、知財担当は発明者へ通知
出願後～登録
①拒絶理由が通知された場合、知財担当が発明者へ拒絶理由の確認を依頼
②発明者が拒絶理由を検討し知財担当へ検討結果を送付
③知財担当が特許事務所へ意見書・補正書の提出（又は案文作成）を指示
④特許査定が送達されたときに、知財担当（又は審査委員会）が登録・分割出願の要否を検討して、発明者の所属長へ検討結果を通知
⑤所属長が登録・分割出願の要否を検討して知財担当へ検討結果を通知
⑥知財担当が特許事務所へ登録料の納付（又は分割出願）を指示
⑦登録番号が通知されたときに知財担当が登録報奨金の支払い手続き
実績報奨
①特許発明の評価時期に、発明者が発明評価書を作成して知財担当へ送付
②知財担当が発明評価書を確認して審査委員会へ送付（又は社長等の経営陣）へ発明評価書を送付
③審査委員会が評価内容を審議
④審査委員会が実績報奨金額の決定
⑤審査委員会が知財担当へ審議結果を通知
⑥知財担当が実績報奨金の支払い手続き
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